知网查重是指利用知网系统进行文献查重，主要用于检测学术论文中的抄袭情况。用户将待查重的文献上传至知网系统，系统会对文献进行比对分析，给出相似度报告。而源文件查重是指通过专门的查重软件对文档的原始文件进行查重，主要用于检测文档之间的相似度。两者的主要区别在于应用场景和检测对象不同。

此外，知网查重更注重学术领域中文献的查重，对于学术界的重要性不言而喻；而源文件查重则更广泛地适用于各个领域，包括商业文件、法律文件等。另外，知网查重通常需要购买知网系统的服务，而源文件查重则可以通过免费或付费的查重软件进行。总的来说，两者虽然都是查重工具，但针对的对象和使用方式有所不同。